| Gene | Input weight | Standard | Rank | |
| NEUROD1 | - | -1 | 127 | |
| SATB2 | 0.25 | 1 | 149 | |
| FGFR2 | - | -1 | 237 | |
| PLXNA2 | - | - | 243 | |
| APC | 0.25 | 1 | 266 | |
| LRP6 | - | - | 279 | |
| BMPR2 | - | -1 | 281 | |
| HIPK1 | - | - | 311 | |
| PPP3R1 | - | - | 321 | |
| MLLT3 | - | - | 383 | |
| SFRP1 | - | - | 387 | |
| CELSR2 | - | - | 410 | |
| ASCL1 | - | - | 413 | |
| YY1 | - | - | 419 | |
| FOXP1 | 1.0 | 1 | 435 | |
| PBX1 | - | - | 489 | |
| PCDH8 | - | - | 531 | |
| PAX6 | 0.25 | 1 | 544 | |
| RELN | 1.0 | 1 | 626 | |
| FOXN3 | - | - | 647 | |
| PAX2 | - | - | 653 | |
| LHX2 | - | - | 655 | |
| FOXG1 | - | - | 661 | |
| PGAP1 | - | - | 711 | |
| FOXJ3 | - | - | 756 | |
| PBX3 | - | - | 773 | |
| ZIC3 | - | -1 | 789 | |
| SMAD4 | - | - | 821 | |
| SMAD3 | - | - | 823 | |
| DLL3 | - | -1 | 847 | |
| FOXJ2 | - | - | 902 | |
| ZIC1 | - | - | 939 | |
| CHRD | - | - | 941 | |
| ACVR2A | - | - | 965 | |
| PTCH1 | - | -1 | 972 | |
| SMAD5 | - | - | 1002 | |
| PCSK6 | - | - | 1035 | |
| HIPK2 | - | - | 1051 | |
| FOXO3 | - | - | 1056 | |
| HIF1A | - | - | 1075 | |
| NKX2-2 | - | - | 1120 | |
| BMP7 | - | - | 1137 | |
| BMPR1A | - | - | 1140 | |
| MIB1 | 0.25 | 1 | 1153 | |
| HOXD3 | - | - | 1195 | |
| PCGF2 | - | - | 1217 | |
| MEOX2 | - | - | 1224 | |
| FEZF2 | 0.25 | 1 | 1366 | |
| SEMA5A | 0.5 | 1 | 1388 | |
| HOXD4 | - | - | 1445 | |
| CXXC4 | - | - | 1490 | |
| LEF1 | - | - | 1499 | |
| LRP4 | - | - | 1500 | |
| WNT10B | - | - | 1517 | |
| RFX3 | - | - | 1523 | |
| WNT2B | - | - | 1673 | |
| ACVR2B | - | -1 | 1676 | |
| CYP26B1 | - | - | 1734 | |
| FOXF2 | - | - | 1787 | |
| VANGL2 | - | - | 1793 | |
| SMAD1 | - | - | 1872 | |
| OTX2 | - | -1 | 1916 | |
| FOXA1 | - | - | 1990 | |
| DLL1 | - | - | 2053 | |
| HOXB8 | - | - | 2234 | |
| MID1 | - | - | 2259 | |
| HOXB5 | - | - | 2288 | |
| BCOR | - | -1 | 2290 | |
| WNT2 | 0.25 | 1 | 2299 | |
| SMAD6 | - | - | 2305 | |
| BMPR1B | - | -1 | 2316 | |
| EPB41L5 | - | - | 2335 | |
| DLX2 | 0.25 | 1 | 2357 | |
| DLX1 | 0.25 | 1 | 2400 | |
| DUSP6 | - | - | 2466 | |
| SIX3 | - | -1 | 2494 | |
| FOXK2 | - | - | 2514 | |
| LHX1 | - | - | 2560 | |
| DSCAML1 | - | - | 2579 | |
| EMX1 | - | - | 2613 | |
| TSHZ1 | - | - | 2619 | |
| NKX3-2 | - | - | 2620 | |
| FOXA2 | - | - | 2645 | |
| CITED2 | - | - | 2650 | |
| SMAD2 | - | - | 2694 | |
| TULP3 | - | - | 2770 | |
| HHIP | - | - | 2786 | |
| NRP1 | - | - | 2807 | |
| NFATC3 | - | - | 2813 | |
| TBX5 | - | - | 2836 | |
| SRF | - | - | 2841 | |
| HOXD9 | - | - | 2856 | |
| NOTCH1 | - | -1 | 2865 | |
| SKI | - | - | 2904 | |
| SIM2 | - | - | 2910 | |
| NR2F2 | - | - | 2941 | |
| TBX3 | - | - | 2958 | |
| C2CD3 | - | - | 2994 | |
| SOSTDC1 | - | - | 3003 | |
| CYP26A1 | - | - | 3009 | |
| FOXD3 | - | - | 3025 | |
| CITED1 | - | - | 3064 | |
| NODAL | - | -1 | 3149 | |
| CRKL | - | - | 3156 | |
| HEY2 | - | - | 3174 | |
| TGIF1 | - | -1 | 3264 | |
| FOXN2 | - | - | 3284 | |
| T | - | - | 3286 | |
| BMI1 | - | - | 3300 | |
| WNT5A | - | - | 3319 | |
| WNT8B | - | - | 3407 | |
| HOXA7 | - | - | 3411 | |
| HOXA3 | - | - | 3427 | |
| HOXC8 | - | - | 3439 | |
| CDON | - | - | 3487 | |
| FOXF1 | - | -1 | 3518 | |
| VAX2 | - | - | 3553 | |
| PAX7 | - | -1 | 3577 | |
| HAND1 | - | - | 3590 | |
| ATM | - | -1 | 3622 | |
| FOXE3 | - | -1 | 3688 | |
| SP8 | - | - | 3706 | |
| ALDH1A2 | - | - | 3771 | |
| EDNRA | - | -1 | 3857 | |
| FOXE1 | - | -1 | 3900 | |
| FOXO1 | 0.25 | 1 | 3947 | |
| FLT1 | 0.25 | 1 | 3953 | |
| IRX2 | - | - | 3967 | |
| SOX17 | - | - | 4024 | |
| CDX2 | - | - | 4071 | |
| VEGFA | 0.25 | 1 | 4087 | |
| GDF11 | - | - | 4104 | |
| WNT16 | - | - | 4117 | |
| NKX2-1 | - | - | 4142 | |
| FOXP2 | 0.5 | 1 | 4163 | |
| PBX2 | - | - | 4205 | |
| RBM15 | - | - | 4247 | |
| AXIN2 | - | -1 | 4260 | |
| HOXA2 | - | - | 4273 | |
| ALX3 | - | - | 4288 | |
| RFNG | - | - | 4297 | |
| WNT1 | - | - | 4383 | |
| MYF6 | - | - | 4400 | |
| AXIN1 | - | -1 | 4419 | |
| HOXA11 | - | - | 4432 | |
| GBX2 | - | - | 4440 | |
| RAX | - | -1 | 4486 | |
| FGF10 | - | -1 | 4532 | |
| HOXD10 | - | - | 4534 | |
| ALX1 | - | - | 4544 | |
| LMX1B | 0.5 | 1 | 4551 | |
| HOXB6 | - | - | 4560 | |
| OTX1 | - | - | 4602 | |
| WNT3 | - | - | 4613 | |
| NKX6-1 | - | - | 4665 | |
| WNT3A | - | - | 4747 | |
| NKX6-2 | - | - | 4791 | |
| NKX3-1 | - | - | 4793 | |
| KIF3B | - | - | 4833 | |
| HOXD13 | 0.25 | 1 | 4997 | |
| EN1 | - | - | 5021 | |
| HOXD11 | 0.25 | 1 | 5105 | |
| WNT6 | - | - | 5106 | |
| HOXA5 | - | - | 5132 | |
| SFRP2 | - | - | 5252 | |
| FOXB1 | - | - | 5360 | |
| NOG | - | -1 | 5439 | |
| HOXC4 | - | - | 5536 | |
| ARL6 | - | -1 | 5581 | |
| HAND2 | - | - | 5589 | |
| BMP5 | - | - | 5641 | |
| FOXK1 | - | - | 5646 | |
| CTNNBIP1 | - | - | 5675 | |
| OSR1 | - | - | 5691 | |
| MNX1 | - | - | 5812 | |
| FOXQ1 | - | - | 5820 | |
| CYP26C1 | - | - | 5830 | |
| CDX4 | - | - | 5849 | |
| HES1 | 0.25 | 1 | 5912 | |
| ALX4 | - | - | 5932 | |
| ACVR1 | - | -1 | 6054 | |
| TDGF1 | - | - | 6132 | |
| FOXD2 | - | - | 6176 | |
| CELSR1 | - | - | 6180 | |
| HOXC13 | - | - | 6219 | |
| EGR2 | 0.25 | 1 | 6247 | |
| GLI3 | - | -1 | 6261 | |
| FOXL1 | - | - | 6313 | |
| ZEB2 | - | - | 6361 | |
| ABI1 | - | - | 6421 | |
| BMP4 | - | -1 | 6499 | |
| FOXI1 | - | -1 | 6510 | |
| EFNB1 | - | -1 | 6517 | |
| DVL2 | - | - | 6546 | |
| BARX1 | - | - | 6608 | |
| PAX8 | - | -1 | 6637 | |
| CDX1 | - | - | 6685 | |
| GAS1 | - | - | 6937 | |
| CER1 | - | - | 6956 | |
| HOXA6 | - | - | 7036 | |
| WNT7B | - | - | 7113 | |
| RTTN | - | - | 7129 | |
| RNF2 | - | - | 7154 | |
| IHH | - | -1 | 7160 | |
| FRS2 | - | - | 7173 | |
| TGFBR1 | - | -1 | 7268 | |
| DNAH11 | - | -1 | 7284 | |
| GLI2 | - | -1 | 7307 | |
| WNT7A | - | - | 7312 | |
| HOXD8 | - | - | 7316 | |
| TDRD5 | - | - | 7375 | |
| GRHL3 | - | - | 7409 | |
| HES3 | - | - | 7466 | |
| IRX3 | - | - | 7476 | |
| CFC1 | - | -1 | 7488 | |
| FOXL2 | - | -1 | 7521 | |
| FOXJ1 | - | - | 7628 | |
| RIPPLY2 | - | - | 7657 | |
| SHROOM3 | - | - | 7745 | |
| FOXN4 | - | - | 7786 | |
| GRSF1 | - | - | 7797 | |
| CXCL12 | - | - | 7802 | |
| WNT8A | - | - | 7814 | |
| WNT11 | - | - | 7820 | |
| FOXD4L1 | - | - | 7836 | |
| MYF5 | - | - | 7875 | |
| FOXD1 | - | - | 7884 | |
| LFNG | - | -1 | 7887 | |
| WNT9B | - | - | 8217 | |
| KDM2B | - | - | 8359 | |
| GPC3 | - | -1 | 8430 | |
| NKX2-5 | 0.25 | 1 | 8486 | |
| RARG | 0.25 | 1 | 8575 | |
| GSX2 | - | - | 8581 | |
| ARC | 0.25 | 1 | 8587 | |
| WNT10A | - | - | 8604 | |
| PITX2 | - | -1 | 8708 | |
| TBX20 | - | -1 | 8764 | |
| RING1 | - | - | 8843 | |
| IRX4 | - | - | 8883 | |
| CTNNB1 | 0.5 | 1 | 9066 | |
| LBX1 | - | - | 9134 | |
| FOXN1 | - | - | 9284 | |
| CCDC39 | - | - | 9326 | |
| FOXO4 | - | - | 9362 | |
| SUFU | - | -1 | 9372 | |
| FOXR2 | - | - | 9374 | |
| LRP5 | - | -1 | 9420 | |
| RIPPLY1 | - | - | 9472 | |
| EDN1 | - | - | 9540 | |
| FOXD4L4 | - | - | 9599 | |
| FOXI2 | - | - | 9637 | |
| ACD | - | - | 9679 | |
| FOXP4 | - | - | 9688 | |
| GSC | - | - | 9702 | |
| HNF1B | - | -1 | 9881 | |
| BBS4 | - | -1 | 10131 | |
| FOXC2 | - | - | 10175 | |
| FOXA3 | - | - | 10333 | |
| TGFBR2 | - | -1 | 10407 | |
| SMO | 0.25 | 1 | 10504 | |
| HOXB4 | - | - | 10579 | |
| LDB1 | - | - | 10693 | |
| MAFB | - | - | 10783 | |
| GDF3 | - | -1 | 10819 | |
| BBS5 | - | -1 | 10945 | |
| FOXH1 | - | - | 10963 | |
| HES7 | - | -1 | 10974 | |
| FOXR1 | - | - | 11124 | |
| FOXD4 | - | - | 11635 | |
| UNCX | - | - | 11898 | |
| CCDC40 | - | - | 11931 | |
| FBXL15 | - | - | 12126 | |
| TCF7L1 | - | - | 12273 | |
| SIX1 | - | -1 | 12393 | |
| FOXP3 | - | -1 | 12457 | |
| GATA4 | - | -1 | 12466 | |
| IFT88 | - | - | 12504 | |
| DAND5 | - | - | 12647 | |
| HOXB7 | - | - | 12742 | |
| MSGN1 | - | - | 12838 | |
| PCSK5 | - | - | 13062 | |
| HOXB1 | 0.25 | 1 | 13245 | |
| FOXB2 | - | - | 13267 | |
| WNT9A | - | - | 13365 | |
| OOEP | - | - | 13495 | |
| MDFI | - | - | 13519 | |
| PLXND1 | - | - | 13635 | |
| FOXC1 | - | -1 | 13793 | |
| MESP1 | - | - | 13805 | |
| GJA1 | 0.25 | 1 | 13867 | |
| FOXD4L5 | - | - | 13951 | |
| FOXO6 | - | - | 14502 | |
| MKKS | - | -1 | 14510 | |
| NRARP | - | - | 14597 | |
| GDF2 | - | - | 14603 | |
| INVS | - | -1 | 14708 | |
| NTF4 | 0.25 | 1 | 14749 | |
| FST | - | - | 14783 | |
| NOTO | - | - | 14785 | |
| EVX1 | - | - | 15344 | |
| WNT5B | - | - | 15534 | |
| WLS | - | - | 15707 | |
| FOXI3 | - | - | 15933 | |
| FEZF1 | 0.25 | 1 | 16009 | |
| FOXD4L2 | - | - | 16505 | |
| IFT52 | - | - | 16599 | |
| PSEN1 | - | - | 18523 | |
| SHH | - | -1 | 18571 | |
| NOTCH4 | - | - | 19230 | |
| HHEX | - | - | 19523 | |
| FOXD4L6 | - | - | 19555 | |
| DYNC2LI1 | - | - | 19766 | |
| MEOX1 | - | - | 20002 | |
| FOXS1 | - | - | 20143 | |
| HOXB2 | - | - | 20538 | |
| POFUT1 | - | - | 20616 | |
| TCF15 | - | - | 20798 | |
| SOX18 | - | - | 20812 | |
| RAB23 | - | - | 20831 | |
| OFD1 | - | -1 | 20899 | |
| OSR2 | - | - | 20931 | |
| KAT2A | - | - | 21262 | |
| RPGRIP1L | - | - | 21472 | |
| SENP2 | - | - | 21704 | |
| WNT4 | - | - | 21809 | |
| PLD6 | - | - | 21953 | |
| ASPH | - | - | 22018 | |
| BBS7 | - | -1 | 22032 | |
| TTC8 | - | -1 | 22106 | |
| TCAP | - | -1 | 22131 | |
| LRP5L | - | - | 22282 | |
| TP63 | - | -1 | 22528 | |
| IFT172 | - | - | 22658 | |
| SETDB2 | 0.25 | 1 | 22691 | |
| MESP2 | - | -1 | 22723 | |
| DISP1 | - | - | 22983 | |
| PSEN2 | - | - | 23095 | |
| FZD5 | - | - | 23249 | |
| MFNG | - | - | 23605 | |
| ENG | - | -1 | 24746 | |
| AIDA | - | - | 25211 | |
| FOXM1 | - | - | 25656 |
GO:0007389
| Name | Description | External IDs |
| NEUROD1 | neuronal differentiation 1 | Entrez:4760  HPRD: 03428  HGNC: 7762  Ensembl: ENSG00000162992  |
| SATB2 | SATB homeobox 2 | Entrez:23314  Ensembl: ENSG00000119042  HPRD: 12178  HGNC: 21637  |
| FGFR2 | fibroblast growth factor receptor 2 | Entrez:2263  HPRD: 01492  Ensembl: ENSG00000066468  HGNC: 3689  |
| PLXNA2 | plexin A2 | Entrez:5362  HPRD: 03033  Ensembl: ENSG00000076356  HGNC: 9100  |
| APC | adenomatous polyposis coli | Entrez:324  HGNC: 583  HPRD: 01439  Ensembl: ENSG00000134982  |
| Geneset | Type | Freq. (Network vs Genome) | P-Value (FDR Corrected) | Genes |
| Gene | Description | Avg. edge score to query | Rank | In geneset | In query |
| NEUROD1 | neuronal differentiation 1 | ||||
| SATB2 | SATB homeobox 2 | ||||
| FGFR2 | fibroblast growth factor receptor 2 | ||||
| PLXNA2 | plexin A2 | ||||
| APC | adenomatous polyposis coli |
| Query gene | Gene | Gene description | Edge score |
| NEUROD1 | NEUROD1 | neuronal differentiation 1 | |
| SATB2 | SATB2 | SATB homeobox 2 | |
| FGFR2 | FGFR2 | fibroblast growth factor receptor 2 | |
| PLXNA2 | PLXNA2 | plexin A2 | |
| APC | APC | adenomatous polyposis coli |